Cuộc phiêu lưu kịch tính với sự xuất hiện của Mewtwo, một Pokémon sinh học được tạo ra từ DNA của Mew, một trong những Pokémon hiếm nhất. Sau khi thoát khỏi phòng thí nghiệm nơi nó được tạo ra, Mewtwo quyết tâm chứng minh sự vượt trội của chính mình. Nó dụ dỗ một số Người huấn luyện tài năng vào một trận đấu Pokémon và tất nhiên Satoshi và bạn bè của cậu rất vui lòng chấp nhận thử thách!

Sự phấn khích của Satoshi biến thành nỗi sợ hãi và phẫn nộ khi Mewtwo tiết lộ kế hoạch thống trị, tạo ra những bản sao mạnh mẽ từ những Pokémon của các nhân vật chính để nó có thể làm "mất cân bằng" giữa Pokémon và Người huấn luyện của chúng. Bất chấp sự phản đối của Satoshi, Mewtwo từ chối tin rằng Pokémon và con người có thể là bạn. Nhưng khi phải đối mặt với quyết tâm và lòng trung thành của một Người huấn luận, Mewtwo có thể phải xem xét lại... đặc biệt là khi gặp phải sức mạnh của Mew bí ẩn!