Câu chuyện trong Yuragi-sou no Yuuna-san xoay quanh Kogarashi - một cậu thanh niên có khả năng thấy và trừ tà ma. Cậu vừa mới chuyển đến một ngôi nhà ma ám, nơi đây vốn từng là một nhà nghỉ suối nước nóng. Trong khi đang thư giản trong làn nước ấm áp, Kogarashi phát hiện ra người bạn cùng phòng của mình lại chính là một cô ma nữ đang tìm cách siêu thoát. Sau khi cậu nhận lời xin giúp đỡ từ Yuuna, Kogarashi nhận ra rằng cô ma nữ ấy không phải là rắc rối duy nhất của khu trọ này đâu! Thế là dàn harem "nóng bỏng" tại nhà trọ ma ám đã sắp xuất hiện trên màn ảnh nhỏ rồi đấy!