Jiro Kato, một sĩ quan quân đội xuất sắc nhưng lại đang phải đối mặt với sự trừng phạt do không chấp hành mệnh lệnh cấp trên. Anh bất ngờ được một tổ chức bí mật có tên là D. Kikan giải cứu, sau khi đồng ý gia nhập và trở thành gián điệp cho họ. Sau khi hoàn thành khóa huấn luyện Jiro được phái đi lấy cắp cuốn Sổ Đen từ viên đặc vụ sứ quán Mĩ – Graham. Trà trộn vào thành phố đa sắc màu “Devil’s Metropolis” Jiro phải cùng lúc đối mặt với một người phụ nữ bí ẩn tên Rin, tình báo Hoàng Gia Anh, quân tình báo Soviet và cả quân đội Nhật Bản.

Joker Game được dựa trên cuốn tiểu thuyết cùng tên của nhà văn Koji Yanagi, lấy bối cảnh của Thế Chiến II khi mà những điệp viên được trải ra khắp các hang cùng ngõ hẻm, để lúc này một trận chiến trong bóng tối đang ngầm diễn ra.