Một dịch bệnh di truyền giết sạch 99% dân số trên trái đất. Nhà khoa học Trevor Goodchild đã phát minh ra phương thuốc chữa bệnh, và 5 triệu người sống sót tập trung tại Bregna, thành phố cuối cùng của hành tinh xanh, được bao bọc bởi tường thành kiên cố. Gia tộc nhà Goodchild bắt đầu cuộc cai trị hà khắc suốt 400 năm, mặc cho nhiều cuộc nổi dậy nổ ra. Thành phố Bregna năm 2415 Nữ chiến binh Aeon Flux (Charlize Theron) là một cư dân bình thường của thành phố.

Thế nhưng ẩn sau vẻ bề ngoài xinh đẹp là một khả năng sử dụng võ nghệ cao cường, chuyên thực hiện các phi vụ bí mật cho nữ chủ Handler. Rắc rối xảy ra khi Aeon phát hiện em gái Una của mình bị giết chết tại nhà riêng trong lúc chờ cô đến cùng ăn tối. Thế là Handler lập tức cử nữ sát thủ "4 bàn tay" Sithandra để sát cánh cùng Aeon đi hạ sát chủ tịch Trevor Goodchild, nghi can số 1 trong cái chết của Una.