Ở phía bên kia thế giới, tồn tại một chiều không gian bí ẩn giống như gương được gọi là Thế Giới Hỗn Mang. Ở đó mọi thứ đều bị đảo ngược so với thế giới cũ. Trong không gian độc đáo này tồn tại một Pokemon Giratina huyền thoại. Giratina được coi như là một vị thần đã bắt đầu chiến đấu với một vị thần khác là Dialga.

Trong khi đang phiêu lưu, Satoshi và nhóm bạn đã phát hiện một pokemon huyền thoại khác là Shaymin. Pokemon với vẻ ngoài dễ thương này đang nắm giữ bí mật về cuộc chiến giữa 2 vị thần Pokemon.